Dans la littérature

Amérindiens non-contactés: Microbiomes très divers mais avec un réservoir de gènes de résistance aux antibiotiques

Clemente JC, CE Pehrsson, Blaser MJ, et al Le microbiome des Indiens isolés Indiens Sci Adv; pii: eLa diversité du microbiome humain, qui joue un rôle important dans la santé, est altérée par de nombreux aspects de la vie moderne. La perturbation de la co-évolution et de la symbiose entre les humains et leurs microbiomes soulève d’importantes préoccupations quant aux effets potentiels sur le bien-être humain. -être au niveau de la population Des études antérieures ont examiné les microbiomes de populations isolées. Certaines de ces populations n’étaient toutefois pas complètement isolées en ce sens qu’elles avaient connu un contact préalable au moins limité avec le monde moderne. L’examen du microbiome ainsi que résister à l’éventail des gènes de résistance antimicrobienne d’une population vraiment isolée ajouterait plus de force à ces découvertesClemente et collègues échantillonné avant-bras peau, muqueuse buccale et excréments de sujets Yanomami entre et des années d’âge pour l’analyse microbiome et résistome Des échantillons similaires ont été obtenus à partir de groupes témoins Les Yanomami sont un groupe de chasseurs-cueilleurs semi-nomades Au Venezuela, ils vivent dans une région protégée et les individus inclus dans cette étude n’ont eu aucun contact préalable avec des non-Yanomami. Les sujets Yanomami se sont avérés avoir la plus grande diversité bactérienne microbiome Les tests phénotypiques de souches d’Escherichia coli provenant de spécimens fécaux obtenus chez des Yanomami ont montré que tous étaient sensibles à tous les antibiotiques testés. Création de bibliothèques fonctionnelles dérivées de l’ADN génomique de ces souches. des isolats ont néanmoins conduit à l’identification de gènes de résistance aux antibiotiques. Quatre d’entre eux ont été inclus dans le crible phénotypique qui n’a pas révélé de résistance, ce qui indique un manque de sensibilité des tests de résistance phénotypique. Les banques métagénomiques de Shotgun permettent l’identification d’un antibiotique fonctionnel. les gènes de résistance; ceux-ci comprenaient, en plus d’une β-lactamase à spectre étendu, des gènes associés à la résistance aux antibiotiques semi-synthétiques et entièrement synthétiques instillation. Cette étude confirme le changement évolutionnaire du microbiome humain associé aux changements dans les expériences associées à la vie humaine moderne. La perte de diversité pour l’évolution humaine continue reste incertaine, mais il est certain qu’elle aura des effets significatifs. L’identification des gènes associés à la résistance aux antimicrobiens dans cette population précédemment isolée est cohérente avec les découvertes antérieures dans des populations moins «virginales». Des gènes de résistance aux antimicrobiens, y compris des antibiotiques entièrement synthétiques, sont présents dans les microbiomes de populations réellement non contactées. Ces gènes contre les antibiotiques naturels peuvent faire partie du résistome humain suite à l’échange avec des organismes producteurs d’antibiotiques dans le sol. les gènes codant pour la résistance aux antibiotiques de synthèse sont plus difficiles à expliquer. Cependant, il est intéressant de noter que ces gènes de résistance ont été maintenus dans le Yanomami en l’absence d’exposition à la pression sélective exercée par l’exposition aux antibiotiques; comme le soulignent les investigateurs, leur persistance suggère une explication de l’émergence rapide de la résistance une fois que les individus sont exposés aux antibiotiques

Référence

Segata N Gut microbiome: L’occidentalisation et la disparition de la diversité intestinale Curr Biol; : R-Google ScholarCrossRefSearch ADS PubMed

Résistance plasmidique à la colistine: présente dans au moins les continents

Liu YY, Wang Y, Walsh TR, et al Emergence du mécanisme de résistance à la colistine plasmidique MCR- chez les animaux et les êtres humains en Chine: une étude microbiologique et biologique moléculaire Lancet Infect Dis doi: / S – L’émergence implacable de la multirésistance parmi les bacilles gram-négatifs aérobies, on trouve les antibiotiques polymyxine, la polymyxine E colistine et la polymyxine B, les antibiotiques de dernier recours dans certains cas. Le nombre croissant de rapports d’organismes résistants même à ces antibiotiques polypeptidiques est cependant très préoccupant, d’autant plus que elle s’accompagne souvent de la présence de résistance à tous les antibiotiques β-lactamines disponibles à l’exception de la ceftazidime-avibactam. Une étude mondiale récente sur les entérobactéries a montré que% d’isolats de carbapénémases étaient résistants à la colistine. La résistance à ces antibiotiques polymyxine connu comme le résultat d’altérations du lipide A en conséquence de mutations chromosomiques non transférables, limitant ainsi En Chine, lors d’une surveillance de routine de la résistance aux antimicrobiens d’Escherichia coli chez des animaux destinés à la consommation, on a identifié un isolat provenant d’un porc présentant une résistance à la colistine transférable qui était véhiculée par un gène, mcr-, transporté sur un plasmide. mobilisé chez un receveur E coli à haute fréquence et pouvant être maintenu chez Klebsiella pneumoniae et Pseudomonas aeruginosa L’action de MCR- entraîne l’addition de phosphoéthanolamine au lipide A, altérant sa charge et donc son affinité pour les polymyxines. Les chercheurs ont identifié E. coli portant En outre, ils ont examiné des isolats de patients hospitalisés avec une infection et ont identifié des mcr- en%, y compris des échantillons d’urine, d’expectorations, de liquide de drainage, de liquide ascitique, de bile et d’une plaie. , le fait que la présence de ce gène de résistance ne soit pas limitée à la Chine est rapidement devenu apparent Liu et ses collègues ont noté à E coli Des contigs d ‘ADN contenant des gènes de type mcr de Malaisie avaient récemment été soumis au Laboratoire européen de biologie moléculaire Peu après la publication des résultats de Liu et ses collègues, Hasman et ses collègues ont signalé l’ identification de mcr – dans un isolat de E. coli. porté des gènes supplémentaires de résistance aux antibiotiques récupérés du sang d’un patient au Danemark ainsi que des échantillons de viande de poulet importés Des voyageurs néerlandais retournés prospectivement étudiés, avaient acquis E coli portant le gène mcr- dans leurs excréments; Les pays visités étaient le Pérou, la Bolivie, la Chine, la Thaïlande, le Vietnam, le Laos et le Cambodge. Le dépistage d’échantillons provenant de plusieurs pays a également permis d’identifier le gène dans des isolats identiques. Les souches de E coli retrouvées chez des personnes asymptomatiques, des porcs et des poulets au Laos, en Thaïlande et en Algérie ont également été identifiées chez des dindes en Italie. Enfin pour l’instant, car il est certain que d’autres viendront , mcr- a été détecté au Canada dans des échantillons d’infection humaine et des échantillons de bœuf haché Le gène mcr n’est pas limité à E coli Criblage d’isolats de Salmonella du secteur agroalimentaire français identifiés% résistants à la colistine, et de le gène mcr- sur les plasmides dont le squelette était, cependant, distinct de celui rapporté par Liu et ses collègues. Le gène a également été détecté dans Salmonella typhimurium à partir d’un échantillon alimentaire au Portugal . L’émergence initiale du gène mcr est encore à déterminer. Un des échantillons canadiens contenant le gène a été analysé. En outre, l’examen des données issues d’échantillons fécaux humains présumés avoir été prélevés avant de trouver le gène MCR dans les microbiomes intestinaux chinois [ ] La raison de son émergence est probablement liée à l’utilisation généralisée de la colistine dans l’agriculture