Emergence d’une souche ribotypique de Clostridium difficile associée à une maladie grave et liée à la souche de ribotype épidémique

Les patients atteints d’une infection au ribotype Clostridium difficile présentaient une maladie plus grave et la souche produisait une variante de toxine. Le séquençage du génome entier a montré que la souche était liée au ribotype C difficile.

Contexte Nous avons identifié des patients atteints d’une infection à Clostridium difficile entre juillet et mars chez lesquels une souche C difficile inhabituelle a été isolée. Cette souche présentait une délétion d’un seul nucléotide du gène tcdC aux positions et toxines binaires, caractéristiques de la souche hypervirulente RT du ribotypeMéthodes A étude de cohorte rétrospective de patients infectés par C difficile RT et patients infectés par des souches non RT / non-RT appariées pour le lieu du diagnostic et le moment de la collecte de l’échantillon a été réalisée Nous avons effectué le séquençage du génome entier pour comprendre la relation de la souche RT à Résultats: La RT de Clostridium difficile a été associée à une maladie plus sévère et à un taux de mortalité plus élevé. L’analyse phylogénomique utilisant des polymorphismes mononucléotidiques du génome de base a montré que RT est dans le même clade génétique que RT, mais est distincte de tous les autres. Souches RT Le locus de pathogénicité de la souche RT enco Une toxine B a été confirmée par la démonstration de l’effet cytopathogène de Clostridium sordellii sur les cellules Vero. La production de toxine B dans les surnageants de culture était inférieure à celle observée avec une souche RT. Conclusions Nos résultats démontrent le potentiel pathogène de cette souche souligner l’importance de la surveillance continue des souches émergentes

Clostridium difficile, virulence, toxine B, séquençage du génome entierVoir le commentaire éditorial de Johnson sur les pages -Au cours de la dernière décennie, l’incidence et la gravité de l’infection à Clostridium difficile en Amérique du Nord, au Royaume-Uni et Europe associée à l’émergence d’un clone C difficile résistant aux fluoroquinolones connu sous le nom de type endonucléase de restriction BI / champ pulsé, toxinotype III, ou réaction en chaîne de la polymérase PCR ribotype RT C difficile La souche RT abrite les gènes tcdA tcdB codant les principales toxines du C difficile, la toxine A et la toxine B, respectivement, les gènes de la toxine binaire, et une deletion bp de la paire de base dans le gène de régulation de la toxine tcdC, qui contient également une délétion en position dans le produit génique TcdC TcdC est un facteur anti-sigma qui régule négativement la production de toxines A et B, et la mutation tronquée de TcdC présente dans les souches de RT a été sh propres à augmenter la production de toxines A et B et à contribuer à sa virulence D’autres souches émergentes de C difficile, telles que les ribotypes , , /, et , ont été identifiées dans la maladie humaine, contribuant à Par exemple, il semble que la RT de Clostridium difficile ait les mêmes caractéristiques de virulence génétique que la RT et cause une maladie grave à un taux similaire, mais elle a également été associée à des infections acquises dans la communauté . La description de RT et RT comme hypervirulentes a été remise en question , bien qu’une analyse récente semble confirmer l’association des deux ribotypes avec une maladie plus sévère Des études phylogénomiques utilisant le typage multilocus et la comparaison génomique complète de souches de C difficile ont identifié clades majeurs, avec des isolats RT tous dans le clade Des souches pathogènes humaines sont trouvées dans tous les clades, y compris les souches très divergentes telles que RT, indiquant Une grande diversité génétique existe un grand nombre de souches de C difficile potentiellement pathogènes contenant des loci de virulence La surveillance pour modifier l’épidémiologie des souches est limitée par le fait que les diagnostics de routine sont basés sur la détection des toxines et que les isolats ne sont pas systématiquement cultivés. C difficile PCR Cepheid, Sunnyvale, Californie comme test de confirmation du diagnostic de CDI Ce test comprend une sonde de détection de la délétion tcdC des nucléotides tcdCΔ caractéristique des souches ribotypiques mais qui peut également être trouvée dans d’autres souches non RT rapports d’acquisition locale de C difficile RT , des études récentes indiquent que RT n’est pas actuellement endémique en Australie et que les ribotypes de PCR, et prédominent In, nous avons détecté des patients avec un CDI cliniquement sévère identifié comme présomptif RT par Xpert C Cependant, le ribotypage ultérieur de la PCR a montré que ces souches étaient sensibles à la RT et à la moxifloxacine. n test phénotypique de résistance aux antimicrobiens Nous avons effectué une étude de cohorte rétrospective appariée pour étudier l’épidémiologie, les facteurs de risque et les résultats cliniques des CDI causés par cette nouvelle souche. Le séquençage du génome entier a été entrepris pour déterminer sa relation avec un isolat local

Méthodes

Conception de l’étude et participants

L’étude était une étude de cohorte rétrospective monocentrique chez les sujets avec CDI Monash Health comprend les principaux hôpitaux avec & gt; lits, desservis par un seul laboratoire de diagnostic qui traite tous les spécimens fécaux L’étude a été approuvée par le Comité d’éthique de la recherche humaine de Monash Health à Victoria, Australie numéro d’agrément A Les participants étaient des adultes âgés de & gt; années d’IDC confirmées en laboratoire entre juin et mai Un épisode d’ICD a été défini comme une maladie clinique compatible avec l’ICD et des signes microbiologiques de toxicité causée par C difficile dans les selles sans preuve d’une autre cause de diarrhée ou de colite pseudomembraneuse diagnostiquée pendant l’endoscopie, après Pour chaque cas de CDI provoqué par C difficile RT, nous avons sélectionné des patients avec une PCR positive Xpert C difficile mais tcdCΔ négatif et qui n’ont donc pas eu de C difficile RT ou RT, appariés au site hospitalier présent Un outil standard de collecte de données a été utilisé pour collecter les informations démographiques du dossier médical, la sévérité de la maladie, le traitement, la durée d’hospitalisation et les résultats cliniques. Des données ont également été collectées sur les facteurs de risque potentiels de développement d’ICD. l’exposition aux antibiotiques, aux agents suppresseurs d’acide gastrique, et à la chimiothérapie Comorbidité a été établie selon le Inte Dixième révision de la CIM-Chaque épisode a été classé soit comme un ICD associé à un établissement de santé, soit comme un ICD associé à une communauté, soit comme un ICD associé à une installation de soins de santé selon des critères standard. résolution de l’épisode initial de CDI et des preuves microbiologiques de C difficile toxinogène La sévérité de chaque épisode de CDI a été évaluée en utilisant différents critères proposés par l’Infectious Diseases Society of America IDSA / Société pour l’Epidémiologie des Soins de Santé de l’Amérique SHEA et Zar La mortalité a été considérée comme attribuable à l’ICD lorsqu’un patient est décédé à la suite d’un ICD, comme indiqué dans les notes médicales ou sur le certificat de décès. La réponse au traitement a été définie comme la résolution de la diarrhée et / ou des signes cliniques au cours du traitement. thérapie

Analyses statistiques

Toutes les données ont été analysées à l’aide du logiciel SAS, version SAS Institute, Cary, Caroline du Nord. Les facteurs de risque d’ICD ont été évalués à l’aide d’une régression logistique conditionnelle tenant compte du modèle apparié. les variables prédictives n’ont pas d’observations Les résultats des modèles de régression logistique ont été rapportés comme odds ratios avec% d’intervalles de confiance pour chaque facteur de risque Les variables continues ont été présentées comme moyenne ± écart-type et variables catégorielles comme proportions.

Diagnostic microbiologique de CDI

Pendant la période de l’étude, tous les spécimens fécaux non formés chez les patients âgés de & gt; années, indépendamment de la période d’hospitalisation, ont été testés pour la présence de C difficile par CDIFF CHEK- Techlab, Blacksburg, Virginie dosage immuno-enzymatique pour la détection de glutamate déshydrogénase Les échantillons positifs ont ensuite été testés pour la présence de C difficile toxigène en temps réel Xpert C difficile PCR Les échantillons de Cepheid positifs pour tcdCΔ ont été identifiés comme RT présumée et cultivés sur ChromID C difficile agar bioMeriéux, Lyon, France à ° C pendant des heures Les colonies noires qui étaient des bacilles à Gram positif ont été provisoirement identifiées comme C difficile et confirmées par PCR multiplexe détectant les gènes tpi triose phosphate isomérase, tcdA et tcdB , et la sensibilité à la moxifloxacine a été testée par Etest bioMérieux

Biologie moléculaire et techniques de PCR

Les gènes de la toxine binaire cdtA et cdtB ont été détectés par PCR multiplex, et une PCR monoplex a été utilisée pour détecter le gène tcdC , Le séquençage des nucléotides a été Le séquençage de cycle de PRISM BigDye Terminator mesuré sur un analyseur génétique a permis de classifier les souches basées sur les polymorphismes de longueur des fragments de restriction dans les gènes de toxine codés dans le Pathogenicity Locus PaLoc et a été réalisé en utilisant la méthode de Rupnik et al . Les produits de réaction de ribotypage PCR ont été concentrés à l’aide du kit de purification Qiagen MinElute PCR Ambion, Austin, Texas et ont été comparés à une bibliothèque de référence connue, contenant les ribotypes PCR courants circulant actuellement sur la plateforme d’électrophorèse capillaire QIAxcel. en Australie et une sélection de souches binaires toxines positives en utilisant la version BioNumerics Mathématiques appliquées, Saint-Martens-Latem, Belgique

Séquençage du génome entier et assemblage

La souche DLL de Ribotype C difficile a été obtenue à partir d’un patient de notre hôpital qui est mort de CDI sévère, et DLL a été une souche RT locale. Les isolats ont été séquencés sur une machine à base de puces et de bp. Protocoles du fabricant L’assemblage de novo a été effectué en utilisant la version de Newbler Roche, et les lectures ont été alignées sur les génomes de référence, et les SNP polymorphismes mononucléotidiques ont été identifiés en utilisant la version SHRiMP et Nesoni, un utilitaire Python interne. : RT, ATCC_ RT, BI RT, CD RT, CIP_ Montréal RT, R Royaume-Uni RT, NAP Numéro d’accession GenBank ADVM, NAP GenBank numéro d’accès ADNX, et QCD_m tous RT isolats humains L’annotation de génome a été réalisée avec Prokka Victorian Bionformatics Consortium, Monash University, en Australie, et une analyse plus approfondie des séquences codantes a été réalisée en utilisant Artemis version Sanger Institute, Oxford, Royaume-Uni Phy Les relations logénétiques ont été déduites par une analyse de jointure et de décomposition de voisin en utilisant la version SplitsTree de l’université de Tubingen, en Allemagne, en utilisant une matrice de distance basée sur des alignements de SNP par paires entre tous les isolats et génomes de référence.

Dosages de cytotoxicité des cellules Vero

La toxine B des surnageants de culture de C difficile a été détectée en utilisant un test de cytotoxicité des cellules Vero, comme décrit précédemment. Des changements morphologiques des cellules Vero ont été observés et notés par microscopie après des heures de quantification. le titre est la réciproque du point final sans dilution de l’effet cytopathique

RÉSULTATS

De juin à mai, le dépistage du C difficile a été réalisé sur des échantillons de selles. Le diagnostic de CDI a été confirmé sur des échantillons, dont% avaient également tcdCΔ et la toxine binaire par Xpert C difficile PCR Nous avons cultivé avec succès le C difficile à partir de ces échantillons de selles. Parmi les isolats non-RT, l’un était ribotype UK, et l’autre était un ribotype novateur. Aucun des échantillons positifs à la PCR de Xpert-C-difficile n’était RT Le moment de l’identification des échantillons positifs RT La figure ci-dessous montre une large bande de DLL et une autre ligne de souche de ribotype comparée à la ligne de déformation de type ribotype Figure Vue largeTélécharger une diapositive Réaction en chaîne par polymérase Modélisation de la lignée DLL et d’une autre voie de ribotypie par rapport au type ribotype strain lane Figure View largeTélécharger la lameCourbe épidémique montrant le mois d’isolations de C difficile ribotype au laboratoire du Southern Health Care NetworkFigure View largeTélécharger la diapositive Courbe épidémique montrant le mois d’isolations du ribotype C difficile au laboratoire du Southern Health Care Network

Analyse clinique

Données démographiques et facteurs de risque

Il n’y avait pas de différences significatives dans l’âge et la distribution des comorbidités entre les cohortes Tableau La plupart des patients avaient une exposition aux antibiotiques documentée% dans les deux cohortes CDI communautaire était commun à la fois RT% et non-RT% Tableau Analyse univariée des facteurs de risque et des résultats de l’infection à Clostridium difficile RT n = non RT n = Rapport de cotes% CI P Valeur Âge, y, moyenne ± SD ± ± – Homme – Diabète – Cardiopathie ischémique – Malignité – Maladie rénale chronique – Maladie pulmonaire obstructive chronique – Polyarthrite rhumatoïde – CA-CDI – CO-HCFA – HO-HCFA – Exposition aux antibiotiques – Suppression de l’acide gastrique – Chimiothérapie – Fièvre & gt; ° C – Nombre de globules blancs & gt; × / L – Niveau de créatinine>% au-dessus de la ligne de base – Niveau d’albumine & lt; mg / dL – Maladie grave selon les critères IDSA / SHEA – Maladie grave selon les critères de Zar – Traitement par vancomycine – Réponse – Recurrencea – Variable RT n = Non RT n = Rapport de cotes% CI P Valeur Âge, y, moyenne ± ET ± ± – Homme – Diabète – Cardiopathie ischémique – Malignité – Maladie rénale chronique – Maladie pulmonaire obstructive chronique – Polyarthrite rhumatoïde – CA-CDI – CO-HCFA – HO-HCFA – Exposition aux antibiotiques – Suppression de l’acide gastrique – Chimiothérapie – Fièvre & gt; ° C Nombre de globules blancs & gt; × / L – Niveau de créatinine>% au-dessus de la ligne de base – Niveau d’albumine & lt; mg / dL – Maladie grave selon les critères IDSA / SHEA – Maladie grave selon les critères de Zar – Traitement par la vancomycine – Réponse – Recurrencea – Les valeurs sont exprimées en pourcentages, sauf indication contraire. Abréviations: CA, communauté associée; CDI, infection à Clostridium difficile; CI, intervalle de confiance; CO-HCFA, apparition dans la communauté, établissement de soins de santé associé; HO-HCFA, hospitalisation, établissement de santé associé; IDSA, Société des maladies infectieuses d’Amérique; SHEA, Société pour l’épidémiologie de la santé en Amérique; SD, écart-typea Les données n’ont pas été évaluées pour les cas de décès

Gravité de la maladie et résultat clinique

Les patients infectés par la souche C difficile RT étaient significativement plus susceptibles de développer une maladie grave, une insuffisance rénale et une hypoalbuminémie. Tableau En utilisant les critères IDSA / SHEA,% de patients RT et% de patients non RT ont atteint la définition de maladie grave. critères,% de patients atteints de RT avaient une maladie sévère, comparé à% de l’odds ratio des patients non-RT [OR], [% intervalle de confiance, -]; P = Ils étaient également plus susceptibles de mourir, avec une mortalité de jour de%; L’analyse de régression logistique exacte a montré que le décès était plus probable chez les patients infectés par la bactérie RT du C difficile que chez ceux qui ne l’étaient pas. Les patients avec RT CDI étaient plus susceptibles de recevoir de la vancomycine que du métronidazole, conformément aux recommandations thérapeutiques préconisant la vancomycine par voie orale pour les ICD sévères. Les patients traités par vancomycine recevaient initialement du métronidazole puis passaient à la vancomycine. ont été informés d’une possible souche hypervirulente basée sur le résultat de Xpert C difficile, qui peut avoir influencé le choix du traitement. Deux cas ont nécessité une admission en unité de soins intensifs. Un de ces cas a nécessité une colectomie et est décédé plus tard. Cohorte -RT comparant la mortalité intra-hospitalière de la RT à celle de la non-RT totale détectée au cours de la période d’étude a montré des taux de mortalité de% / et% /, respectivement P =

Analyse microbiologique

Aucun isolat de C difficile RT n’était résistant à la moxifloxacine et tous se sont avérés être du toxinotype IX bien qu’une inspection in silico de la séquence PaLoc indique que la souche pourrait être un nouveau toxinotype étroitement apparenté. Séquençage PCR des loci de toxines des isolats RT délétion à la position de base du gène tcdC, entraînant une mutation de décalage de troncature mais pas d’autres délétions majeures et des gènes intacts codant pour la toxine A, la toxine B et les données de toxine binaire CDT non montrées

Séquençage du génome entier et comparaison phylogénomique

Nous avons obtenu plus de Mb de séquence de souches DLL et DLL, avec une longueur de lecture moyenne de pb, suffisante pour – fois la couverture de la DLL de génotype Ribotype C difficile approximativement -Mb a été obtenue chez un patient décédé de CDI sévère, et La DLL était une souche RT locale L’analyse phylogénomique a montré que la souche DLL était séparée de la DLL, qui forme un complexe clonal avec d’autres isolats RT séquencés Figure Le ribotype était plus étroitement lié au cluster RT que les autres souches incluses dans l’analyse entre le cluster RT et la DLL, ce qui indique une différence génétique substantielle Une étude récente a estimé que jusqu’à SNP pourrait être attendu pour un isolat obtenu de la même source sur une période de Figure Vue largeTéléchargerGlobal-génome arbre phylogénique des souches ribotype DLL et ribotype DLL comparé aux génomes de Clostridium difficile accessibles au public voir Méthodes Abréviation: SNP, polymorphisme mononucléotidique. Télécharger le génome de l’arbre des souches ribonucléaire et ribotype DLL comparé aux génomes de Clostridium difficile disponibles au public voir Méthodes Abréviation: SNP, polymorphisme mononucléotidique L’arbre SNP généré dans cette étude était concordant avec la structure de clade des souches de C difficile décrite précédemment Les résultats du séquençage du génome entier ont confirmé d’autres études antérieures sur l’hybridation du microréseau complet du génome qui incluaient une seule souche RT étiquetée BI- dans et l’ont également placée comme une aberration dans le clade RT In silico analyse des locus adk, atp, dxr, glyA, recA, sodA et tpi de la souche DLL correspondant au type de séquence ST Toutes les souches RT sont des mutations de résistance aux fluoroquinolones STNo trouvées dans les sous-unités ADN gyrase codant pour les gènes gyrA ou gyrB de C difficile DLL, en accord avec son phénotype sensible à la moxifloxacine

Analyse de toxine

La toxine A, la toxine B et la toxine binaire par DLL et par DLL ont été confirmées par des données Western blot non montrées. Les souches Toxinotype IX ont été précédemment caractérisées comme produisant la toxine A, la toxine B et la toxine binaire CDT et provoquant un Clostridium sordellii. effet cytopathogène CPE observé sur les cellules Vero , Les tests de cytotoxicité des cellules Vero, qui mesurent principalement l’activité de la toxine B, ont montré que les surnageants de l’isolat DLL produisaient des agglutinations et des arrondis cellulaires, conformes aux CPE de type C sordellii. Figure B Les toxines A et B sont des membres d’une famille de grandes toxines clostridiennes, notamment la toxine létale C sordellii TcsL, qui provoquent la cytotoxicité par l’inactivation des petites GTPases Rho / Ras, et la spécificité de la toxine B est déterminée par les acides aminés – L’homologie des acides aminés de cette région dans TcdB TcdB- dans la DLL a montré% identité% de similitude avec C difficile, un précédemment décrit toxinotype X / toxine Souche négative, isolée d’une source humaine asymptomatique, produisant également un CPE de type C sordellii sur les cellules Vero , mais seulement% identité% de similarité avec la souche TcdB- de la RT Figure View largeTélécharger la diapositive Effet cytotoxique de la toxine B sur Cellules Vero A, les surnageants de DLL ont entraîné l’arrondi et l’agglutination des cellules Vero, comparé à l’effet cytopathogène typique de Clostridium difficile observé avec les surnageants M et les cellules Vero non traitées B, Analyse quantitative de la production de toxine B utilisant des tests de cytotoxicité souches ribotype DLL, ribotype M, ribotype, et la souche CD est une souche témoin toxine négative de C difficile Les dosages ont été réalisés en double sur au moins des surnageants de culture indépendants; Les valeurs moyennes de ces essais sont montrées avec les erreurs types des moyennes Abréviation: RT, ribotypeFigure View largeTélécharger la diapositive Effet cytotoxique de la toxine B sur les cellules Vero A, Les surnageants de DLL entraînent l’arrondi et l’agglutination des cellules Vero, comparé au Clostridium habituel Analyse quantitative de la production de toxine B en utilisant des tests de cytotoxicité des cellules Vero des souches ribotype DLL, ribotype M, ribotype, et la souche CD est une souche témoin toxine négative du C difficile. Les dosages ont été effectués en double sur au moins des surnageants de culture indépendants; les valeurs moyennes de ces dosages sont indiquées avec les erreurs types des moyennes Abréviation: RT, ribotype

DISCUSSION

f mortalité Nos résultats concordent avec ceux d’une enquête cas-témoins réalisée en Nouvelle-Zélande, montrant une OR pour une maladie sévère dans les cas avec RT CDI par rapport aux témoins Clostridium difficile RT produit la toxine binaire, la toxine A et la toxine B, mais pas produire des niveaux élevés de toxine B in vitro et causé une cytotoxicité atypique associée à un variant domaine catalytique N-terminal de la toxine B qui modifie ses cibles catalytiques Clostridium difficile décrites précédemment avec ce phénotype ont été d’importance clinique incertaine Toxine B variantes résultant de polymorphisme de séquence de TcdB ont été trouvés pour modifier la virulence des souches codantes, y compris l’hypervirulente C difficile RT La production de toxine binaire peut également être un facteur de virulence important, bien que son rôle est moins bien établi Le C sordellii la toxine B de la souche C difficile était plus cytotoxique et létale chez la souris que la toxine B, mais aussi puissante que TcsL , et nous postulé que la coexistence d’une toxine B plus puissante avec une mutation inactivante de tcdC pourrait contribuer à la virulence de la souche DLL identifiée Le rôle exact de la mutation tcdC dans la virulence du C difficile est complexe La restauration de la fonction tcdC du C difficile RT réprime la toxine la production par – pour – plier et réduire la virulence dans un modèle de hamster ; cependant, la comparaison de différents génotypes de C difficile n’a pas montré de corrélation constante entre l’inactivation des mutations tcdC et la production de toxines in vitro ou la virulence clinique En accord avec cette dernière observation, la bactérie C difficile a produit la toxine B à un niveau inférieur. Il est possible que la production de toxine in vitro ne prédise pas avec précision celle qui se produit in vivo, et de futures études utilisant un modèle animal pourraient examiner le potentiel de virulence de la souche. La courbe épidémique de notre étude montre l’émergence de dans notre laboratoire à partir de juillet, mais une diminution des cas de début d’utilisation croissante de fluoroquinolones à large spectre a été corrélée avec l’émergence de RT CDI résistant à la moxifloxacine; cependant, le C difficile RT est sensible à la moxifloxacine et des facteurs autres que l’utilisation d’antibiotiques à large spectre peuvent jouer un rôle dans l’émergence de nouvelles souches hypervirulentes L’apparition soudaine de notre souche RT C difficile et la fréquence des maladies communautaires suggérer une origine communautaire non reconnue auparavant, notant que l’ICD non-RT de notre échantillon a aussi fréquemment une maladie communautaire. Nous ne trouvons aucun cas de RT ou de toxine IX chez les animaux ou les aliments , mais d’autres études sur l’épidémiologie de ces souches. Une enquête menée en – a montré que tandis que% des laboratoires australiens et néo-zélandais pratiquaient la culture toxigénique, seul un petit nombre effectuait un autre génotypage, ce qui entravait notre capacité à détecter l’émergence de nouvelles souches contraception féminine. rapport, la détection de la délétion tcdCΔ par Xpert C difficile PCR a conduit à la poursuite du typage et l’identification de la souche, mais à venir émergent De toute évidence, la surveillance future doit inclure un échantillonnage coordonné par des laboratoires de diagnostic ainsi que la capacité d’enquêter sur les grappes CDI d’augmentation de la prévalence et / ou de la sévérité. Notre étude a été limitée par le petit nombre de cas, insuffisants. pour permettre une analyse multivariée Elle a été réalisée dans un seul réseau de santé dans un état d’Australie et peut ne pas refléter l’épidémiologie ou la sévérité de l’ICD dans d’autres populations. Nous n’avons pas pu utiliser d’autres cas d’infection à , parce que ces isolats ont pu être soumis en raison d’une maladie cliniquement sévère, et leur inclusion aurait produit un biais vers les cas graves. Parce que notre laboratoire a utilisé Xpert PCR pendant toute la période d’éclosion, nous sommes confiants qu’il n’y avait pas de biais dans l’identification des cas le typage n’a pas été effectué sur la cohorte non RT, il est peu probable que ces Comme les algorithmes diagnostiques diffèrent d’un laboratoire australien à l’autre, il est difficile de déterminer la prévalence et l’incidence réelles de la RT. On ignore si les souches à virulence hétérogène sont constamment En raison de ces incertitudes, la signification clinique globale de la RT ne peut être clairement déterminée à l’heure actuelle. Dans notre laboratoire, C difficile RT a spontanément décliné, et les données épidémiologiques à notre disposition n’ont fourni aucune preuve claire de la source de la maladie. souche, comment elle a été disséminée dans notre communauté, ou pourquoi son incidence a diminué D’autres études sont nécessaires pour répondre à ces questions, et pour mieux comprendre la virulence de la souche et son potentiel à devenir endémique et à provoquer d’autres épidémies

Remarques

Remerciements Nous remercions Mme Vivien Vasic pour son assistance technique avec le séquençage du génome entier Ion Torrent. Soutien financier Ce travail du laboratoire de santé publique de l’unité de diagnostic microbiologique a été soutenu par le gouvernement victorien, Australie Conflits d’intérêts potentiels Tous les auteurs: Aucun conflit signalé Formulaire ICMJE pour la divulgation des conflits d’intérêts potentiels Les conflits que les éditeurs jugent pertinents pour le contenu du manuscrit ont été divulgués